考えられる可能性は

・スキャン画像が300dpi以下になっている
・スキャン画像とマークシート設定が一致していない

の２点です。

まずはマークシート用紙が300dpi以上のカラー又はグレースケールでスキャンされているかご確認ください。
スキャンされた画像の解像度の確認方法はスキャン画像(JPEG)を右クリックし、表示されるメニューの「プロパティ」をクリック、プロパティ画面の「詳細」情報で解像度が確認できます。

次にスキャン画像とマークシート設定が一致しているか確認する方法は③マークシート設定ツールを起動し、メニューの「ファイル > スキャン画像を開く」でまずはスキャン画像を読み込み、基準点設定のダイアログはキャンセルしてから、同じくメニューの「ファイル > マーク情報ファイルをインポート」を行ってください。
スキャン画像の上にマークシート設定が表示されますので設定が正しいか確認できます。
もし設定が正しくない場合にはそのスキャン画像に合わせてマークシート設定を再度行ってください。