これは、coresTranscoding.ini　を編集することで可能です。
-s は画像サイズ、　-r はフレームレート、-b はビットレートです。

Command0=""coresffmpeg" -y -i "" -timestamp "" -vcodec libxvid -s 320x240 -r 24 -b 400k -acodec libfaac -f psp ".mp4""

のようにお使いください。

なお音質の変更については、-ab は音声のビットレート -ar は音声のサンプリング周波数です。
-ab 128k -ar 44100 などとして使います。