マークシート読取・採点ツールの各種設定「単一選択問題の複数マークチェック」を有効にしきい値の設定を行ってください。

単一選択問題の複数マークチェックのしきい値はここで設定した値よりマーク濃度が濃いマークが複数あった時にセルが灰色表示されます。